Belo Quinto, uma fictícia cidade no sudeste do Brasil,
recebe a visita do padre Andrew Kiernan (Gabriel Byrne), que
foi mandado pelo Vaticano para investigar uma igreja que tem a
estátua de uma santa que verte lágrimas de sangue. Lágrimas estas
que começaram no dia em que o padre Paulo Almeida, o
responsável pela igreja, morreu.
Enquanto Kiernan fotografava a estátua, que sangrava, um
garoto furta um rosário que estava junto do corpo do falecido e
vende o terço para uma turista, que por sua vez manda de presente
para Frankie Paige (Patricia Arquette), sua filha, que é
cabeleireira em Nova York.
Em pouco tempo, ela passa a ser vítima de "estigmas", chagas
idênticas às de Cristo, e Andrew Kiernan o encarregado
de investigar o fenômeno.
Inicialmente Kiernan descarta a possibilidade dos "estigmas",
pois todos os "estigmatas" são pessoas bastante religiosas e
Paige não acredita em Deus.
Mas Kiernan vê o suficiente para quebrar os padrões
estabelecidos pelo Vaticano, e acredita que se ele não fizer
nada, Frankie pode morrer.
Gradativamente, ele passa a suspeitar que seu superior, o cardeal
Daniel Houseman (Jonathan Pryce), não quer que toda a verdade
venha tona.